Krokodýlí ZOO Protivín vznikla na základě soukromého chovu provozovatele této zoo Miroslava Procházky. Krokodýly se zabýval již v mládí ve Stanici mladých přírodovědců v Písku, kde získal základní znalosti v chovu krokodýlů. Sám je chová privátně od roku 1996, nicméně celistvou kolekci krokodýlích druhů začal budovat v roce 2000. Od roku 2005 krokodýly úspěšně rozmnožuje.
V Krokodýlí zoo Protivín chovající 22 druhů krokodýlů, ale i jiná zvířata, například aligátory, kajmany, želvy a dále expozici mláďat a jedovatých hadů. Jako první v Evropě odchovala krokodýly kubánské (Crocodylus rhombifer) v homozygotní formě a krokodýly bahenní (C. palustris).
V Krokodýlí zoo můžete shlédnout světovou raritu – Afrodita – bílý gaviál sundský, který je zde opravdu jediný na světě!
Součástí zahrady je i muzeum s expozicí kosterních pozůstatků krokodýlů a jiných obratlovců. Sbírka čítá více než 1 200 exponátů, např. kočkovité šelmy, medvědi, sloni, nosorožci, zoborožci a rozsáhlá sbírka hmyzu a dalších bezobratlých.
V roce 2009 vydal majitel zoo Atlas krokodýlů, z výtěžku jeho prodeje podporuje na Borneu vznik rezervace k zachování tamní populace gaviála sundského a krokodýla siamského.
