Barokní areál v obci Svatý Jan pod Skalou historicky patřil k řádu sv. Benedikta. Pro svou architektonickou a kulturní hodnotu je zapsán do seznamu kulturních památek ČR a v roce 2018 byl prohlášen národní kulturní památkou ČR.
Byl postaven na místě jeskyně legendárního poustevníka sv. Ivana a zrušen byl za Josefa II. Jedná se o tradiční poutní místo obývané benediktiny již od 11. století.
Komplex bývalého benediktinského kláštera se nachází v malebné poloze pod vysokou Svatojánskou skalní stěnou mezi zalesněnými svahy údolí. Jádrem areálu je jeskyně sv. Ivana vyhloubená ve skalním masivu, pod níž vyvěrá silný pramen léčivé vody. Jeskyně je propojena se skalním kostelem Panny Marie a skalní klášterní kryptou. K celku jeskynních prostor přiléhá kostel Narození sv. Jana Křtitele se zvonicí. Presbytářem je kostel provázán se stavbou konventu a prelatury.
V roce 1310 zde vzniklo proboštství. Roku 1420 byl mateřský klášter dobyt husitskými vojsky a zničen. Přeživší mniši se přesunuli do Sv. Jana, tehdy nazývaného „Svatý Ivan ve skalách". Od roku 1517 se datuje definitivní přesídlení mnichů z Ostrova do Svatojanského kláštera. Roku 1584 zde byly znovu nalezeny a vyzvednuty po staletí pečlivě ukrývané ostatky sv. Ivana. Od této chvíle se začala úcta k Ivanovi šířit do dalekého okolí a započala tradice slavných svatojanských poutí. Velkolepá procesí byla zprvu iniciována hlavně jezuity. Poutě přetrvaly až do poloviny 20. století, kdy byly s nástupem komunismu potlačeny.
S rozmachem poutí starý kostel nestačil, proto se opat Matouš Ferdinand Sobek z Bílenberka rozhodl pro náročnou a velkorysou stavbu nového kostela. Základní kámen stavby raně barokního kostela sv. Jana Křtitele osobně položil v roce 1657 císař Leopold I. Projekt kostela vypracoval italský stavitel Carlo Lurago. Podle svatojanského kostela dostala jméno i přilehlá obec.
Budovy kláštera přibývaly postupně a do dnešní podoby byly dokončeny v roce 1731. Již za 54 let, roku 1785, však klášter zrušil císař Josef II. Majetek kláštera byl rozprodán v dražbě. Prvním majitelem se stal hrabě Sweerts-Spork, později např. šlechtická rodina Bergerů.
Zadní část kláštera byla využívána k průmyslové výrobě (koželužna, přádelna, papírna). V letech 1904–1912 budova kláštera fungovala jako moderně vybavené lázně. Roku 1914 koupil budovu kláštera církevní řád Školských bratří a zřídil zde učitelský ústav. Ten zde fungoval až do roku 1942, kdy byl německou okupační správou zrušen. V roce 1949 se objektu zmocnila nastupující komunistická vláda, která jej začala využívat k nápravě politicky nežádoucích osob.
Vrácen církvi byl v roce 1994, poté zde byla zřízena Vyšší odborná pedagogická škola.
