Františkánský klášter byl spolu s kostelem Nanebevzetí Panny Marie založen na jihovýchodě Plzně kolem roku 1300, stavba kostela byla dokončena kolem 1350 a kláštera kolem roku 1380. Klášter byl silně poškozen za husitského obléhání v letech 1433–1434 a opravován skoro 50 let. Věž z konce 16. století byla upravena 1676 a 1611 byla přistavěna kaple Nejsvětější Trojice. Klášter byl znovu poničen za Mansfeldova obléhání v roce 1618. Průčelí přestavěno v barokním slohu architektem Jakubem Augustonem během rekonstrukce kláštera v letech 1722 až 1744. Klášter sám byl zrušen roku 1950 v rámci „Akce K".
Za socialismu sloužily objekty nejdříve jako domov mládeže, později Západočeskému muzeu v Plzni. Po změně režimu v roce 1989 byl klášter vrácen římskokatolické církvi, která v roce 1994 zahájila postupnou obnovu zchátralé stavby dle návrhu architekta Jana Soukupa. Dnes slouží nejzajímavější části kláštera Muzeu církevního umění plzeňské diecéze. Ostatní prostory slouží farnosti u katedrály sv. Bartoloměje, plzeňskému biskupství a jsou zde služební byty pro osoby vedení diecéze a řeholní sestry.
