Současný chrám sv. Markéty Antiochijské byl vystaven na místě bývalého benediktinského kláštera Podlažice založeného ve 12. století šlechticem Vrbatou. Původní klášter sloužil až do svého zničení během husitského tažení do východních Čech v roce 1421. Opravy se nedočkal a v roce 1696 se z iniciativy královéhradeckého biskupa Jana Františka z Talmberka začalo s budováním nového kostela v barokním slohu, který je dodnes dominantou krajiny okolo obce Chrast–Podlažice.
Do širšího povědomí se klášter v Podlažicích dostal díky dochované knize Codex gigas (tzv. Ďáblova bible). Jedná se o největší rukopisnou knihu světa s vyobrazením téměř půlmetrového ďábla. Je to nejenom přepis celé bible, ale obsahuje i Kosmovu Kroniku českou, řadu různých traktátů a menších spisů, kalendář s nekrology, zaklínadla a všelijaké dobové záznamy.
S historií podlažického kláštera včetně kostela sv. Markéty je možno se seznámit v Městském muzeu v Chrasti, kde je vystavena také replika Ďáblovy bible.
Prostor benediktinského kláštera je nyní téměř zcela nivelizován stavebními zásahy souvisejícími s výklizem prostoru pro stavbu kostela sv. Markéty. Jediným pozůstatkem je terénní vlna v prostoru zatravněné plochy na severovýchodě. Ještě na katastrální mapě je patrný rybník, který byl součástí původního areálu a nyní je zasypán a zatravněn.
Nedaleko kostela sv. Markéty se nachází pozůstatek biskupského pivovaru s jádrem ze 16. století.
