Bývalý areál kláštera v Prostějově se nachází při bývalé Olomoucké bráně a spolu s kostelem sv. Jana Nepomuckého je historickou součástí historického centra města Prostějov.
Na počátku historie kláštera stojí slib kněžny Marie Anny z Lichtenštejna, který učinila za uzdravení svého syna Jana Nepomuka z Lichtenštejna. Roku 1727 byla podepsána zakládací listina. Špitál během válek sloužil jako lazaret. Nacházela se v něm i známá lékárna. Milosrdní bratři zůstali v Prostějově do roku 1958. Po jejich odsunu se v klášteře nacházel domov důchodců s lékárnou. Nad vchodem do kláštera se nachází socha sv. Jana Boha zobrazeného při pomoci nemocnému.
V roce 1990 byl konvent navrácen řádu. V roce 2015 jej řád milosrdných bratří prodal arcibiskupství olomouckému. Kostel sv. Jana Nepomuckého byl přifařen do farnosti sv. Petra a Pavla a jeho statut již není klášterní, ale filiální.
