Areál františkánského kláštera se nachází jihovýchodně mimo hradby města Hostinné za potokem. Tvoří jej klášterní kostel sv. Františka Serafínského, pro který byl upraven starší renesanční kostel, raně barokní konvent a ohradní zeď s domky (bývalými hrobkami), která obklopovala historický hřbitov za kostelem a budovy kláštera. Františkánský klášter je zapsán v seznamu kulturních památek České republiky.
První bratři řádu sv. Františka přišli do města roku 1666. V roce 1674 městská rada františkánům přenechala k užívání malý renesanční hřbitovní kostelík Nejsvětější Trojice. Stavba klášterní budovy byla zahájena v roce 1677. Už v roce 1678 byly na budově kláštera prováděny tesařské práce. V následujícím roce však františkánům došly peníze a stavba musela být až do roku 1680 přerušena. Dne 8. srpna 1684 byli františkáni za velké slávy do kláštera uvedeni. V roce 1685 byl klášterní kostel rozšířen o kapli Bolestné Panny Marie. V roce 1686 byla dokončena klauzura konventu a knihovna. O rok později byla postavena zeď kolem zahrady kláštera se slepými arkádami. V roce 1693 byly do věže kostela umístěny tři zvony se jmény Marie, František a Antonín.
Postupem času kostel přestal svojí kapacitou vyhovovat a bylo rozhodnuto o jeho rozšíření. Roku 1744 byly zahájeny stavební práce na rozšíření kostela přístavbou druhé kostelní lodi. Stavební činnost trvala až do roku 1748, kdy byl dokončen unikátní dvoulodní kostel. Zde se po následujících více jak 200 let odehrávala hlavní část slavné pouti Porciunkule. Přístavbou kostela se františkáni dostali do velikých dluhů, protože všechna vydání byla hrazena pouze z almužen.
V době reforem císaře Josefa II. byl roku 1785 klášter v Hostinném zrušen. O čtyři roky později si františkáni prosadili jeho obnovení. Pomohl jim především argument, že v konventu od roku 1688 provozovali lékárnu a od roku 1728 klášterní nemocnici pro chudé.
V dubnu roku 1950 byl františkánský klášter v Hostinném vládou zrušen. V letech 1967–1969 proběhla rekonstrukce objektu kostela a v jeho prostorách byla umístěna stálá expozice sbírky antických plastik z majetku Karlovy univerzity v Praze.
Roku 1989 byl areál františkánského kláštera v Hostinném vrácen řádu františkánů. V roce 2007 odkoupilo františkánský klášter do svého majetku město Hostinné. V letech 2004–2009 byla postupně provedena celková oprava klášterního kostela Neposkvrněného početí Panny Marie. V letech 2009–2011 byla provedena celková rekonstrukce klášterního konventu a klášterní zahrady. V přízemí konventu se nachází moderní městská knihovna a v prostoru prvního patra je nainstalovaná expozice městského muzea.
