Významný barokní architektonický a urbanistický celek kapucínského kláštera v Českých Budějovicích ovládá východní území historického jádra města. Kapucínský klášter v Českých Budějovicích je památkově chráněná památka.
Klášter byl založen 1614 a dostavěn roku 1620. V roce 1641 byl klášter částečně poškozen velkým požárem Českých Budějovic, ale kostel zůstal nezasažen. Klášter byl rozšířen ve 3. čtvrti 17. století, roku 1804 zrušen a proměněn na seminář. Pozdně klasicistní rozsáhlá přestavba a zvýšení objektu proběhlo v letech 1843–1844. Objekt konventu v letech 1803-1950 sloužil jako kněžský seminář, od r. 1991 v něm sídlí Teologická fakulta Jihočeské univerzity.
Mimo konvent v areálu byl roku 1709 postaven kostel sv. Anny. Ten byl v 80. letech 20. století přestavěný na koncertní síň.
Během přestavby kostela na koncertní síň byla v podzemí objevena konventní krypta ze 17. století. Asymetricky umístěný sloup a dispozice prostory potvrzují domněnku, že krypta vznikla ze sklepů jednoho z vyhořelých domů, na jejichž parcelách klášter vznikl. Kostry v kryptě ležely na zádech, ruce měly složené na prsou a hlavu podloženou cihlou. Ani na jedné nebyly nalezeny zbytky oděvů (důvody absence oblečení nejsou známé). Ostatky pocházely z let 1621 až 1786.
