Areál bývalého kláštera s kostelem sv. Jiljí se nachází v severní části města Třeboň. Jde přibližně o 1/6 rozlohy historického jádra, které tvoří množství objektů, spojených víceméně do souvislé zástavby, která však vznikla značně dlouhým a složitým vývojem. Areál je chráněn jako národní kulturní památka České republiky.
Klášter v Třeboni byl založen roku 1367. Původní gotická část, tj. dvoulodní kostel sv. Jiljí a Panny Marie s kaplí sv. Vincence, dobudovaný po roce 1370, klášterní ambit s polychromovanými žebrovými klenbami a freskami z počátku 15. století, se dochovaly téměř v původním stavu. Klášterní budovy ve stylu pozdního baroka byly postaveny roku 1750.
V klášterním areálu, severovýchodně od ambitů křížové chodby a děkanského chrámu, působilo v 18. a 19. století první Třeboňské klasické gymnázium.
I přes mladší stavební zásahy a zánik řeholní funkce je kostel s konventem nejlépe zachovanou částí klášterního areálu. K tomu lze připočítat ještě barokní novostavbu tzv. nového konventu, jenž si přes všechny mladší zásahy zachoval svou původní podobu. Všechny ostatní objekty prošly výraznými novodobými stavebními úpravami a přestavbami během 19. století a v 1. polovině 20. století, které do značné míry setřely jejich původní vzhled. Všechny tyto objekty ztratily svou původní funkci a dnes slouží především k obytným účelům (přes 40 bytových jednotek), jako úřadovny městského úřadu (v současnosti již přemístěného) a v neposlední řadě i jako skladovací a sklepní prostory, situované výhradně do parteru a suterénu jednotlivých objektů. U objektů přestavěných k obytným účelům jde o dlouhou tradici, založenou Schwarzenberky již před polovinou 19. století, což souviselo s umístěním lesní správy do objektů bývalého kláštera. Samostatnou kapitolu tvoří objekty ještě donedávna městského úřadu, původně dívčí školy; novodobé přístavby z doby po roce 1913, sloužící původně jako městský špitál a konečně bývalý nový konvent, jenž dnes slouží jako internát.
