Ojediněle dochovaný hrad stojí v jihočeském městě Strakonice při soutoku zlatonosné Otavy a Volyňky. Dnešní komplex zahrnuje prvky románského slohu, gotiky i novějších renesančních a barokních zásahů, jeho strohý středověký ráz však zůstal po staletí zachován.
V první fázi stavby (1220–1235) vzniklo hlavní opevnění, včetně hlubokého příkopu na jižní a západní straně, západní část kostela s věží, budova ambitu a palác s kapitulní síní. V roce 1235 se o hradu poprvé a nezpochybnitelně zmiňuje listina Václava I. Podobu hradu v polovině 13. století přibližuje další dochovaná listina z roku 1243, v níž Bavor ze Strakonic daruje rytířům řádu sv. Jana Jeruzalémského neboli Johanité kostel a dům s výjimkou domu knížecího. Uvedené datum je oficiálním rokem příchodu řádu do hradu. Od té doby jsou historie řádu a strakonického hradu spojeny na dlouhá staletí. V letech 1260–1280 za Bavora II. vznikl nový palác s věží a byly zaklenuty ambity. Počátkem 14. století přestavěl zvíkovský purkrabí Bavor III. západní opevnění a původně hranolovou věž na dnešní Rumpál (gotická věž s břitem).
V období husitských válek, kdy husité vyplenili hlavní sídlo johanitů v Praze, se Strakonice staly hlavním sídlem velkopřevorství pro země Koruny české. Když v roce 1420 přesídlili do Strakonic, vzali s sebou také řádový archiv a insignie. Po roku 1500 vybudoval komtur řádu Jan III. z Rožmberka věž Jelenku a severní kamennou hradbu a přestavěl obytný palác.
Stavební úpravy hradu byly ukončeny 1714–1721 barokní zámeckou přístavbou. Maltézský řád zde působil až do uvěznění posledního převora a profesora zdejšího gymnázia A. Voráčka komunisty roku 1951. V roce 2008 byla se souhlasem českobudějovického biskupa uzavřena darovací smlouva ve prospěch Suverénního řádu maltézských rytířů – Českého velkopřevorství, které se tak opět stalo po několika desítkách let vlastníkem svých historických majetků.
V současné době je areál hradu ve vlastnictví tří subjektů. Největší část (více než jednu polovinu) včetně hradních nádvoří vlastní město Strakonice a menší (cca jednu čtvrtinu) Jihočeský kraj. Církevní objekty jsou v majetku Římskokatolické farnosti Strakonice a zámecký špýchar je ve vlastnictví privátní osoby.
Konec roku 2005 a především rok 2006 byl v novodobé historii hradu jeden z nejvýznamnějších – začala rozsáhlá rekonstrukce. Archeologický průzkum s sebou přinesl nečekané objevy. Byly odkryty kamenné základy středověkého objektu, a to v hloubce necelého půl metru pod povrchem. Nález byl datován do 14.–15. století.
Dnes v areálu hradu sídlí Muzeum středního Pootaví, římskokatolická farnost sv. Prokopa, Šmidingerova knihovna a Základní umělecká škola.
Od roku 1995 je areál strakonického hradu prohlášen za národní kulturní památku.
