Zámek vznikl přestavbami hradu v obrubě hradeb tzv. Horního města nad řekou Bečvou a dnes jej najdeme v centru města Přerov. Majitelem původně gotického hradu se na konci 15. století stal rod Pernštejnů. Na přelomu 16. a 17. století se Přerov dostal do držby Karla staršího ze Žerotína, za něhož vyvrcholila přestavba hradu na renesanční zámek.
Větší stavební úpravy v interiérech i exteriérech zámku provedli až v první polovině 19. století Antonín hrabě Magnis a jeho syn Vilém. Již na konci 19. století přestal zámek sloužit k účelu bydlení.
Po vzniku Československa převzalo zámek město Přerov, které se rozhodlo přizpůsobit interiéry zámku pro muzejní expozice a depozitáře. Muzeum Komenského bylo do prostor zámku přestěhováno na počátku 30. let 20. století, kterých dodnes využívá pro muzejní účely.
Na zámku uvidíte několik expozic jako je archeologie regionu, entomologické a mineralogické sbírky a lidová kultura.