Expoziční část zoo je zbudována v Protivíně v historické hospodářské budově náležející k zázemí protivínského zámku. Krokodýlí ZOO Protivín vznikla na základě soukromého chovu provozovatele této zoo Miroslava Procházky. Krokodýly se zabýval již v mládí ve Stanici mladých přírodovědců v Písku, kde získal základní znalosti v chovu krokodýlů. Sám je chová privátně od roku 1996, nicméně celistvou kolekci krokodýlích druhů začal budovat v roce 2000. Od roku 2005 krokodýly úspěšně rozmnožuje.
Výstavním záměrem je v cílové podobě vystavovat všech 25 recentních krokodýlích druhů. Tento záměr je doplněn vybudováním zoologického muzea, kde jsou vystaveny osteologické a v menší míře i dermoplastické preparáty nejen krokodýlů, ale i dalších zástupců živočišné říše. Po stránce chovatelské je kladen důraz na sestavení chovných skupin ohrožených a kriticky ohrožených druhů krokodýlů a to nejen v samotné expozici, ale i na farmě, tak aby tato zvířata měla optimální podmínky k rozmnožování.
V současné době jsou tyto skupiny vytvořeny u šesti (Alligator sinensis, Crocodylus siamensis, Crocodylus rhombifer, Crocodylus mindorensis, Tomistoma schlegelii a Gavialis gangeticus) ze sedmi ohrožených a kriticky ohrožených druhů, přičemž tři (C. rhombifer, C. siamensis a C. mindorensis) se již pravidelně rozmnožují. Gaviálové sundští (syn. tomistoma úzkohlavá, Tomistoma schlegelii) již v průběhu chovu v naší ZOO nakladli vajíčka, bohužel se je nepovedlo zdárně inkubovat. Dopracovat zdárně techniku inkubace u tohoto převzácného druhu je výzvou pro ZOO do budoucnosti.
