Klášterní komplex (zvaný též krátce Ostrovský klášter) ležel na úzkém a protáhlém říčním ostrově nacházejícím se v řečišti Vltavy těsně před jejím soutokem se Sázavou.
Benediktinský klášter Stětí sv. Jana Křtitele vznikl kolem r. 1000 jako nejstarší mužský klášter na našem území. Silně poškozen byl v době braniborského plenění po smrti Přemysla Otakara II. (1278) a definitivně zanikl po husitských válkách. Klášterní městečko Sekanka s unikátními doklady kamenného opevnění a nálezy dokládajícími obchod a dálkové kontakty bylo založeno ve 13. století. Jeho obyvatelé místo opustili během braniborského rabování (1278–1283) a asi z důvodů nedostatečného zemědělského zázemí město již neobnovili.
V 50. a 60. letech minulého století zde probíhal jeden z klíčových výzkumů české archeologie středověku. Jak na ostrožně, tak především v nedaleké poloze u sv. Kiliána se nacházejí rozsáhlé pozůstatky středověkých úvozových cest.
Dnes jsou zachovány zakonservované základy kamenných klášterních staveb odkrytých archeologickým výzkumem. Areál kláštera zaujímá jižní část ostrova, kamenné románské stavby nahradily požárem zničené stavby dřevěné. Kostel sv. Jana Křtitele byl původně trojlodní románskou basilikou s dvojvěžovým průčelím a trojapsidovým chórem, ke které byl později připojen gotický pravoúhlý chór. K závěru jižní boční lodi přiléhá kaple s apsidálním závěrem a k ní snad na jihu ještě jedna kaple. Severně kostela se rozkládají základy konventních budov koncentrujících se kolem rajského dvora obíhaného ambitem a dále na sever pozůstatky hospodářských staveb. Jižně od kostela se nachází zbytky staveb infirmaria.
